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Uno dei vantaggi di MailStore è che consente di snellire gli archivi di posta, sia quelli sul mail server che quelli sui client. Per non far sentire la mancanza dei propri archivi locali a gli utenti, è necessario che le ricerche su MailStore siano veloci.
Quando MailStore esegue una query di ricerca, apre i propri file di archivio e i file indice, in sequenza. Per motivi di prestazioni è meglio avere pochi file grandi che molti  file piccoli. Se i database e i file di indice sono molti e piccoli, devono essere eseguiti molti accessi (in lettura e in scrittura) al file sul disco, con conseguenti rallentamenti.

La dimensione ideale per un archivio di MailStore è di circa 5.000.000 di messaggi. 

Per contenere la crescita del numero degli archivi, bisogna impostare la creazione automatica degli archivi su annualmente o su una dimensione ragionevole.

• Per configurare la creazione automatica di archivi, andare in : strumenti di amministrazione -> archiviazione -> percorsi di archiviazione
• Sulla destra cliccare sul tasto crea automaticamente
• Si aprirà una nuova finestra dove è consigliato impostare come segue
  
  
   
• Per salvare le modifiche fare click su ok.

Se si è creato un numero eccessivo di archivi e lo si vuole ridurre, bisogna accorpare più archivi in uno solo.

• andare in strumenti di amministazione -> management api -> Comando Prompte digitare il comando:
  
   MergeStore -id = [numero ID] -sourceId = [numero ID]
  
  
   

Ps. : Gli id degli archivi possono essere recuperati in  Strumenti di amministrazione -> Archiviazione -> percorsi di archiviazione

Per  esempio, se si desidera unire l'archivio # 1 al # 13, utilizzare il comando:
MergeStore -id = 13 -sourceId = 1

 Dopo l'accorpamento, disattivare o rimuovere gli archivi di origine

 
N.B. : A causa della deduplica dei messaggi, l'archivio risultante da una fusione potrebbe contenere meno messaggi della somma dei messaggi contenuti negli archivi originali.